Fakultas Pertanian adalah salah satu fakultas yang bernaung di bawah Universitas Samudra yang berdiri berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 0477/0/1985 tanggal 22 Oktober 1985 dibawah naungan Yayasan Pendidikan Samudra Langsa, atas prakarsa Pemerintah Kabupaten Aceh Timur dan beralamat di Jalan Prof. Dr. Syarief Thayeb, Meurandeh, Kecamatan Langsa Lama, Kota Langsa, Propinsi Aceh.

Berdirinya Fakultas Pertanian berawal dari peleburan dari dua Sekolah Tinggi di Kota Langsa, yaitu Sekolah Tinggi Ilmu Hukum dan Sekolah Tinggi Ekonomi. Pada tahun 1984, kedua sekolah tinggi tersebut berkembang menjadi universitas dan berganti nama menjadi Universitas Samudra Langsa berkat bantuan Prof. Dr. A.P. Parlindungan, S.H sebagai Ketua Kopertis Wilayah I Sumut dan Aceh. Kedua sekolah tinggi tersebut dirubah menjadi Fakultas Hukum dan Fakultas Ekonomi ditambah dua fakultas baru, yaitu Fakultas Pertanian dan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan. Keempat fakultas tersebut mendapat status terdaftar sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 0478/0/1985 tanggal 22 Oktober 1985 hingga terakreditasi pada tahun 2007.

Pada awal pendiriannya, FP Unsam hanya memiliki 2 (dua) prodi, yaitu Prodi Agronomi dan Sosial Ekonomi Pertanian. Pada tahun 2007, penamaan kedua prodi tersebut berubah menjadi Prodi Agroteknologi dan Agribisnis. Perubahan nama tersebut berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tingg Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia No. 163/Dikti/Kep/2007 tentang Penataan dan Kodifikasi Prodi pada Perguruan Tinggi.

Pada tahun 2013, Unsam beralih status menjadi Perguruan Tinggi Negeri dengan ditandatanganimya Peraturan Presiden Nomor 37 Tahun 2013 tanggal 13 Mei 2013 tentang Penegerian Universitas Samudra oleh Presiden Republik Indonesia Bapak Susilo Bambang Yudhoyono dan diresmikan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Prof. Dr. Muhammad Nuh, DEA pada tanggal 4 Juni 2013. Hal merupakan tonggak sejarah awalnya Universitas Samudra beralih status menjadi salah satu Perguruan Tinggi Negeri di Indonesia. Sampai saat ini, Unsam telah memiliki 5 fakultas (Hukum, Ekonomi, Pertanian, Keguruan dan Ilmu Pendidikan, dan Teknik) dengan 25 Prodi yang telah terakreditasi.

Seiring berjalannya waktu, pada tahun 2015 bertambah satu prodi baru di Fakultas Pertanian yaitu Prodi Budidaya Perairan dengan SK Penyelenggaran No. 361/E/O/2014 tanggal 27 Agustus 2014 tentang Pendirian Prodi Budidaya Perairan. Kemudian pada tahun 2021, Prodi Budidaya Perairan berubah nama menjadi Prodi Akuakultur berdasarkan SK BAN-PT Nomenklatur: 14189/SK/BAN-PT/AkPNB/S/II/2022.